ImageJ Linux Installation

 /usr/java/jdk1.5/bin/java -Dplugins.dir=/usr/local/ImageJ -Xmx500m -cp /usr/local/ImageJ/ij.jar:/usr/java/jdk1.5/lib/tools.jar ij.ImageJ

http://rsb.info.nih.gov/ij/docs/install/linux.html

-D オプションで渡すプラグインディレクトリはフルパスでないといけない。"~/…"のように自分のホームを指定することができない。
でそこに "plugins" というディレクトリがあれば勝手に読んでくれる。
.bashrc などに

alias imagej="<path/to>/ImageJ/jre/bin/java -Dplugins.dir=<path/to>/ImageJ -Xmx512 -jar <path/to>/ImageJ/ij.jar"

のように書いておけば、どこからでも実行できるようになる。
ランチャにも同じ要領で登録できるはず（未確認）。